Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas (BEM Fakultas) merupakan kelengkapan non struktural fakultas, yang merupakan lembaga perwakilan kemahasiswaan tertinggi di tingkat Fakultas Agama Islam Universitas Kutai Kartanegara.

Tugas BEM Fakultas adalah melaksanakan semua ketetapan musyawarah BEM Fakultas, memberikan saran, usul, pendapat, kritik yang berkaitan dengan pencapaian pendidikan nasional dan pelaksanaan tri dharma perguruan tinggi.

Fungsi BEM Fakultas ialah mengoordinasikan semua kegiatan ekstrakurikuler kemahasiswaan fakultas meliputi penalaran, keilmuan, minat dan kegemaran, serta membentuk kepribadian sebagai badan konsultasi dan koordinasi antarorganisasi kemahasiswaan jurusan dan unit kegiatan mahasiswa.